В 1960 році у Вінниці почав працювати загальнотехнічний факультет Київського технологічного інституту харчової промисловості. Математики, які тут працювали, числились за кафедрою вищої математики названого інституту. В ті часи цю кафедру очолювала проф. Мандзюк Анастасія Іванівна. 26 липня 1966 року факультет було реорганізовано на філію Київського політехнічного інституту.
Як самостійна структурна одиниця, кафедра вищої математики почала своє існування 1 вересня 1966 року, коли ЗТФ Київського технологічного інституту харчової промисловості (КХТІ) перетворився на філію КПІ. Ядром цієї кафедри були викладачі, які продовжували працювати з 1961 року – Ткаченко Ю. Т., Боднаревський М. Г., Маргасін А. М., Тарасов О. М., Дячук А. Ф., Дячук А. А. Пізніше, у 1964 – 1965 роках, влилися в колектив Волков Ю. І., Гарник В. А., Вишенська Г. А.
Першим завідувачем кафедри став 28-річний Волков Юрій Іванович, а 23 березня 1967 року на цю посаду призначено старшого викладача Дячука Анатолія Феофановича. Колектив поповнювався науковими кадрами і вже з січня 1971 року кафедрою завідував доцент Фокін О. В., а з вересня 1972 року кафедру очолив кандидат педагогічних наук, доцент Кудрін Б. Г. В цей період колектив поповнювався і нараховував близько 30 співробітників. Адже в 1974 році ВФКПІ став самостійним ВПІ – Вінницьким політехнічним інститутом.
Інститут продовжує розвиватись, збільшуватись. Відповідно колектив кафедри вищої математики також поповнюється новими кадрами. На кафедрі відкриваються держбюджетні та госпдоговірні теми. З 80-х років колектив кафедри зростав до 50-55 чоловік. Відкривались наукові лабораторії та філіал кафедри на базі заводу "Термінал". В різні часи підготовку аспірантів та пошукачів вели к.т.н., доц. Вальдман М. Р., д.ф.-м.н., проф. Волков Ю. І., д.ф.-м.н., проф. Панков О. А., к.п.н., доц. Петрук В. А. В даний час підготовку аспірантів та пошукувачів ведуть д.т.н., проф. Михалевич В. М., д.пед.н., проф. Клочко В. І., д.пед.н., проф. Петрук В. А.
З березня 1993 року завідувачем кафедри призначено доктора фізико-математичних наук, професора Панкова О. А. Настали важкі часи становлення молодої держави. Це відобразилося і на проблемах науки, вищої освіти, зокрема, і нашої кафедри. Колектив поступово зменшував свою чисельність. Почався відтік кадрів внаслідок скорочення. У травні 1995 року на посаду завідувача кафедри призначено кандидата фізико-математичних наук, професора Карпенка В. Л.
В червні 2002 року від кафедри вищої математики відділяється кафедра прикладної математики, завідувачем якої призначається д.т.н., проф. Володимир Маркусович Михалевич, який працював на кафедрі вищої математики з 1986 р.
За період існування кафедри прикладної математики, захистили кандидатські дисертації та стали доцентами кафедри викладачі Хом’юк В. В., Хом’юк І. В., Краєвський В. О., Кокряцька Н. І. У березні 2010 року кафедри вищої та прикладної математики об’єднують і завідувачем кафедри призначається В. М. Михалевич.