Аспірантуру у ВНТУ було відкрито в 1976 році. Докторантуру - в 1988 р. Підготовка магістрів почалась у ВНТУ в 1991 році - вперше в Україні як експеримент, наробки якого в подальшому були використані і використовуються іншими вузами України.

Університет мав ефективну систему підготовки наукових кадрів вищої кваліфікації, яка не мала аналогів. Підготовку науково-педагогічних кадрів здійснюють у докторантурі за спеціальностями , а підготовка здобувачів вищої освіти ступеня доктора філософії в аспірантурі ВНТУ проводиться за такими спеціальностями , функціонують 6 спеціалізованих вчених рад по захисту докторських і кандидатських дисертацій.

Характерною особливістю нової технології підготовки наукових кадрів вищої кваліфікації було те, що майбутні претенденти на наукові ступені як правило повинні закінчити магістратуру, до якої відбиралися лише ті випускники бакалаврату, котрі під час бакалаврської підготовки виявляли хист до наукових досліджень; по-друге, ці претенденти на наукові ступені в магістратурі були зобов'язані освоїти методи генерації нових знань, написати та захистити магістерські дисертації, які складали 30%-40% майбутніх кандидатських дисертацій.

Переваги цієї технології перед іншими полягали в тому, що, вступивши до аспірантури, аспіранти не втрачали час на пошук теми і керівника, на ознайомлення з науковими роботами інших авторів в вибраному науковому напрямку, на освоєння методики постановки експериментів та обробки його результатів, на вироблення навичок написання статей та оформлення звітів про наукову роботу - все це вони опановували ще на етапі магістерської підготовки. Реалізував цю технологію створений на базі Департаменту магістерської підготовки та відділу аспірантури Інститут магістратури, аспірантури та докторантури (ІнМАД).

Згідно з концепцією розвитку, прийнятою у 1990 році, були розроблені та затверджені у 1991 році нові експериментальні навчальні плани та програми триступеневої системи підготовки спеціалістів з вищою технічною освітою бакалавр-інженер-магістр. Навчання магістрів було організовано за методикою, розробленою у ВНТУ з урахуванням світового досвіду. Випуск магістрів, що відбувся у ВНТУ, в 1996 році, був першим випуском магістрів в Україні, серед числа тих які усі 5 років навчались за спеціальними навчальними планами.

Для продовження наукового дослідження особливостей магістерської підготовки спеціалістів за триступеневою системою навчання та розробки і впровадження перспективних методик та алгоритмів магістерської підготовки у ВНТУ, в період з 01.04.97 р. по 31.12.99 проводилась НДР за темою "Дослідження особливостей та розробка структури і змісту магістерської підготовки з технічних наук в контексті методології генерації нових знань", результати якої в повному обсязі впроваджено у Вінницькому національному технічному університеті, що суттєво підвищило якість магістерської і пов'язаної з нею аспірантської підготовки.

Для здійснення координації дій створений в 1996 році Департамент координації магістерської підготовки в 1997 році було об`єднано з відділом аспірантури і перейменовано в Департамент магістратури, аспірантури та докторантури (ДМАД).

З метою удосконалення організаційних форм та підвищення ефективності неперервної підготовки наукових кадрів вищої кваліфікації від магістра до ступеня кандидата наук, а надалі й наукового ступеня доктора наук на базі ДМАД в 2000 році створено Інститут магістратури, аспірантури та докторантури (ІнМАД).

В травні 2016 року в ВНТУ відповідно до «Порядку підготовки здобувачів вищої освіти ступеня доктора філософії та доктора наук у вищих навчальних закладах (наукових установах)», затвердженому постановою Кабінету Міністрів від 23 березня 2016 року № 261 (опубліковано 26 квітня 2016 року), наказів Міністерства освіти і науки України від 18 травня 2016 року № 523 та від 08 липня 2016 року за № 816 про отримання ліцензії на розширення провадження освітньої діяльності за третім освітньо-науковим рівнем вищої освіти впроваджено новий механізм підготовки здобувачів вищої освіти, з метою здобуття ступеня вищої освіти доктора філософії.

В квітні 2021 року ІнМАД перейменований в Інститут докторантури та аспірантури (ІДА).